東北大学加齢医学研究所 加齢医学研究拠点 | Institute of Development, Aging and Cancer, Tohoku University

セミナー

◇平成28年6月3日(金)加齢研研究員会セミナーのご案内
日時: 平成28年6月3日(金)午後4時~
場所: 加齢研実験研究棟7階 セミナー室1
演題: 遺伝子発現から転写制御因子を予測する
講師: 川上英良 博士
所属: 理化学研究所統合生命医科学研究センター
担当: 林陽平(医用細胞資源センター・内線8572)
要旨: 遺伝子発現制御に重要な転写因子を同定することは、疾患および正常細胞機能を解明する第一歩として大変重要である。しかし、複雑な翻訳後調節を受ける転写因子の活性を網羅的に計測するのはまだ非常に難しい。一方、マイクロアレイや次世代シークエンシング技術の普及により遺伝子発現を網羅的に計測することは比較的容易になってきている。
 今回、私達は世界中の3500以上の網羅的ChIPデータを統計的に用いることで、転写因子—遺伝子制御ネットワークを構築した。さらに、確率的な制御関係を考慮したweighted Parametric Gene Set Enrichment解析(wPGSA)を導入することで、遺伝子発現から450種類以上の転写因子の活性を極めて高い精度で予測することに成功した。
 本発表では、膨大な公共データを統計的に活用するwPGSAの枠組みを概説するとともに、実際の遺伝子発現データへの適用と検証について紹介する。


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